Die Garchinger Fußballer spielten bis Mitte der 1980er Jahre in den unteren Ligen des Fußballkreises München. Ein Höhepunkt war ein Freundschaftsspiel gegen den FC Bayern mit Sepp Maier und Gerd Müller im Jahr 1972.

Der VfR Garching stieg 1991 erstmals in die Bezirksoberliga auf. Nach dem Abstieg 1995 gelang erst 2009 der Wiederaufstieg in diese Spielklasse.

Im Zuge der Ligenreform des Bayerischen Fußball-Verbandes stieg Garching im Frühjahr 2012 in die sechstklassige Landesliga Südost auf. Dort gelang im ersten Jahr die Vizemeisterschaft. Nach Aufstiegsspielen gegen die SpVgg Grün-Weiß Deggendorf und den SV Friesen qualifizierte sich der Verein unter der Leitung von Trainer Daniel Weber erstmals für die Bayernliga. Zum Kader gehörte zu dieser Zeit auch der ehemalige Zweitliga-Profi Patrick Würll.

Auch die folgende Saison 2013/14 verlief für Garching sportlich erfolgreich: Durch den Rückzug des Meisters BC Aichach aus der Bayernliga Süd reichte der zweite Platz zum erstmaligen Aufstieg in die viertklassige Regionalliga Bayern, aus der man 2014/15 nach Platz 16 und einer Niederlage in der Relegation gegen den FC Amberg jedoch sofort wieder absteigen musste. Ein Höhepunkt aus Garchinger Sicht war der 3:2-Auswärtssieg gegen die zweite Mannschaft des TSV 1860 München vor 1000 Zuschauern im Stadion an der Grünwalder Straße.

In der Saison 2015/16 wurden die Garchinger Meister der Bayernliga Süd und kehrten auf Anhieb in die Regionalliga zurück. Damit spielen die Schwarz-Weißen in der Saison 2016/17 zum ersten Mal in der jüngeren Geschichte in der gleichen Spielklasse wie der Landkreisrivale SpVgg Unterhaching. Der ehemalige Bundesligist ist Partnerverein des VfR Garching.

Die bisher erfolgreichste Regionalliga Saison 2017/2018 endete mit Platz vier. Saison 2018/2019 endete im Mittelfeld. Daniel Weber hört nach zwölf Jahren als Trainer beim VfR Garching auf.

Die Spielsaison 2019/2020 mit dem neuen Trainer Benjamin Flicker, verlängerte sich wegen Ausbruch der Corona-Pandemie und den damit verbundenen mehrmaligen Unterbrechungen zur Saison 2019/2021, die mit einem Saisonabbruch beendet wurde.

Als Tabellenletzter wurde für den VfR Garching, trotz noch fünf ausstehenden Nachholspielen und einer möglichen sportlichen Rettung auf einem Nichtabstiegsplatz, der Abstieg am grünen Tisch besiegelt und in die Bayernliga-Saison 2021/2022 geschickt.